Nuestra fundación surge en Chile en la década de los 90 ‘s, a raíz del aumento de los flujos migratorios de la población peruana hacia tierras chilenas. En aquella época ya se notaban los primeros atisbos de una sociedad molesta por su llegada, lo que provocó que las personas extranjeras se vieran enfrentadas a una serie de situaciones que iban desde conflictos hasta actos xenófobos. Los gestos de rechazo, de repudio y de discriminación se hicieron cada vez más latentes. Alertados por esa situación es que un grupo de jóvenes voluntarios decide unirse para brindar asesoría gratuita a estas personas, con el objetivo de orientarlas sobre los procesos que debían seguir para conseguir una mejor calidad de vida en este nuevo país, convirtiendo así su voluntariado en un apoyo social necesario para la población migrante.
Esta iniciativa marcó el comienzo de un proceso jurídico, relevante y gratuito que funcionaba en la parroquia Jesús Obrero, ubicada en la comuna de Estación Central, para más tarde dar paso a la creación de una oficina de atención gratuita para personas migrantes en Chile, cuya misión principal era orientar sobre condiciones laborales, de vivienda y de acceso a derechos, a quienes se integraban a la sociedad chilena.
PIPA (Pastoral de Inmigrantes Pedro Arrupe), fue el primer nombre que bautizó al actual Servicio Jesuita a Migrantes. Aquí equipos voluntarios vinculados a la Comunidad de Vida Cristiana comienza a recorrer las calles de Santiago para entregar información a la población peruana.Entre sus actividades informativas, estos jóvenes voluntarios también se unieron para borrar los rayados xenófobos que aparecían en los muros de las calles de Santiago Centro, como muestra de rechazo a las personas migrantes.
Así, pasaron años de funcionamiento de servicio comunitario y gratuito. Para el 2007 y en el marco de la profesionalización de la organización, cuyo objetivo era mejorar el trabajo y la atención hacia las personas migrantes, se toma la decisión de contratar profesionales y cambiar las oficinas de la organización a un recinto distinto de la parroquia. Así se incorporan nuevos profesionales, practicantes y voluntarios, quienes unidos por una sola vocación, continúan atendiendo a personas extranjeras, sin costo alguno.
Ya en 2008 y una vez materializado el cambio de domicilio se produce también el cambio de nombre, pasando de PIPA a Servicio Jesuita a Migrantes. Esta modificación tuvo como objetivo facilitar el trabajo en red con los otros SJM de la región. Oficialmente el 30 de junio de 2010 se inscribió como Fundación Servicio Jesuita a Migrantes, nombre que se mantiene hasta la fecha.
El JRS fue fundado en noviembre de 1980 por el P. Pedro Arrupe SJ, entonces Superior General de la Compañía de Jesús, para responder a la difícil situación de los refugiados vietnamitas que huían de su patria devastada por la guerra.
Al finalizar la guerra de Vietnam en 1975, cientos de miles de vietnamitas del sur huyeron de sus hogares y hacinados en pequeños botes a través del Mar de China Meridional. Muchos no sobrevivieron al viaje; fueron asesinados por piratas, o murieron ahogados a causa de tempestades y mares agitados. El padre Arrupe se sintió llamado a actuar. Hizo un llamamiento a los jesuitas «para traer al menos algún alivio a una situación tan trágica».
El padre Arrupe escribió a más de 50 provincias jesuitas sobre la situación, recordando que los jesuitas, que en ese momento contaban con 27.000 hombres en todo el mundo, estaban en condiciones de coordinar una respuesta humanitaria global. A medida que surgían conflictos en América Central y América Latina, el sudeste de Europa y en toda África, el JRS pasó en poco tiempo de ayudar a los boat people vietnamitas en los campamentos del sudeste asiático a trabajar con refugiados de todo el mundo.
Casi 20 años después de su creación, el JRS se registró oficialmente como una fundación del Estado de la Ciudad del Vaticano el 19 de marzo de 2000.
Cambio de marca con nombre de fantasía Ciudadano Global, pero mantiene su nombre jurídico como Servicio Jesuita a Migrantes.